模式 2 适用于渡越时间式水流量计量应用（请参阅水流量计量）。在该模式下，通道定义与模式 1 相同：通道 1 =“TX1/RX1”，通道 2 =“TX2/RX2”。TDC1000-Q1 将执行一次 TOF 测量，然后进入就绪状态，等待下一个触发信号。

模式 2 支持均值计算周期和自动通道交换。如果 NUM_AVG > 0，则均值计算模式处于工作状态，使秒表或 MCU 能够计算多个 TOF 测量周期的平均值。在该模式下，器件针对每个触发脉冲在一个通道（方向）上执行一次 TOF 测量，直到达到均值计算计数为止，如果 CH_SWP = 1，则器件将自动交换通道并针对每个触发脉冲在另一个通道（方向）上执行一次 TOF 测量，直到达到均值计算计数为止。

平均值的数量由 CONFIG_1 寄存器中的 NUM_AVG 字段控制。通道交换由 CONFIG_2 寄存器中的 CH_SWP 位控制。CONFIG_2 寄存器中的 EXT_CHSEL 位必须为 0 才能使自动通道交换正常工作。如果 EXT_CHSEL 为 1，则通过 CHSEL 引脚手动控制工作通道选择。