对于内部 DLP 控制逻辑，Apps FPGA 使用的时钟频率是 DLPC910 高速接口时钟频率的 1/4。该时钟在 VHDL 代码中被命名为 clkd。

DLPC910 高速接口是一个双倍数据速率 (DDR) 接口，可实现 8:1 的高速与内部时钟比。这样，Apps FPGA 就可以使用 AMD - Xilinx OSERDESE2 DDR 基元进行数据控制输出。对于每个 Apps FPGA 内部时钟上升沿，8 个数据位会加载到 OSERDESE2 基元中，以便以高速 DDR 时钟速率移出。

Apps FPGA 需要支持两种不同的高速接口时钟频率，即 400MHz 和 480MHz。使用单独的 PLL (AMD/Xilinx IP)，以便创建精确的时钟频率。一个 PLL 生成 100MHz/400MHz 时钟，另一个 PLL 生成 120MHz/480MHz 时钟。两个 PLL 均使用 200MHz sysclk_p/n 作为其参考时钟，并且两个 PLL 都连续运行。

时钟多路复用器基元用于创建 clkd 和 clkd4x（clkd4x 与 clkd 相位对齐，供 OSERDESE2 基元使用）。通过单个时钟多路复用器选择 100MHz 或 120MHz 时钟来创建 clkd。通过另一个时钟多路复用器选择 400MHz 或 480MHz 时钟来创建 clkd4x。初始化期间，由 init-run-park 状态机执行一次时钟选择。选择时钟后，init-run-park 状态机向 OSERDESE2 基元和 Apps FPGA 逻辑发出复位。